2000年12月，合肥中亞科技有限責任公司成立，并在合肥經濟開發區購置土地近百畝，建設院第一科技產業園。

第一產業園建成后，合肥院又分別在2005年和2010年建設了中都產業園和第二產業園。目前，合肥院的高新技術產業園分布在合肥經濟技術開發區和肥西桃花工業園區內，總占地350畝，廠房建筑面積8萬多平方米，內有完善的基礎設施，按照現代企業管理模式，建立并有效實施了標準化管理體系。主要產品有粉磨節能設備、環保設備、計量輸送設備、自動控制設備等，產品暢銷國內外。 圖為產業園區里的輥壓機裝配車間

 2002年8月，合肥院首次自行出口的巴基斯坦LUKEY水泥廠日產2500噸熟料生產線油改煤項目，實現投產達標，并與業主建立了良好的關系。

作為最早進入巴基斯坦水泥市場的中國承包商，多年來，合肥承建了十幾個完整水泥生產線（含余熱發電）及技改項目。圖為2017年9月，朱兵院長在巴基斯坦Attock 三線建設現場視察

合肥院總承包的巴基斯坦ATTOCK水泥廠項目。2006年2月15日，該項目遭遇了震驚中外的“215”恐怖襲擊事件，合肥院的3名工程技術人員遭受恐怖分子襲擊，不幸遇難。在黨和國家領導人以及各級政府的重視下，在集團領導的關心和大力支持下，襲擊事件最終得到妥善處理。合肥院技術人員在事發三個月后重返工地，受到了業主和我國駐巴領事館的高度評價，為工廠按期投產做出了貢獻。

 2003年，合肥院設計的安徽皖維高新材料股份有限公司日產1000噸技改項目投產達標，該項目是我國首條利用電石渣干磨干燒工藝生產線。

2003年，中國建材集團宋志平董事長蒞臨合肥院參觀產業園制造基地

 2005年7月20日，合肥院與沙特NAJRAN水泥公司簽訂了6000td水泥熟料生產線合同。這是合肥院承接的第一個EPC模式的總承包工程，是當時國內規模最大的水泥出口項目，也是沙特國內最大的水泥生產線工程。2006年2月，合肥院與項目業主沙特納吉蘭水泥公司簽訂9000tpd熟料生產線二期EPC合同。上圖為簽約現場合影，下圖為合肥院施工人員在項目現場合影。

2005年8月，合肥院設計的山東淄博日產1200噸高摻電石渣生產線順利投產達標，這是我國首條高摻入工業廢渣生產水泥的干磨干燒工藝生產線，為循環經濟發展起到了積極的推動和示范作用。該項目獲得建材行業第十三次優秀工程設計一等獎。

2006年4月5日，國務委員陳至立在時任安徽省委書記郭金龍、省長王金山、合肥市委書記孫金龍、市長吳存榮等的陪同下到合肥院考察，聽取了關于建設和完善科技創新體系情況的匯報，并對合肥院所取得的成績給予了充分的肯定。她鼓勵合肥院繼續在體制上創新，不斷創建更多的經濟實體，進一步拓寬科技成果產業化領域。

2007年，《大型新型干法水泥生產線配套裝備研制與應用》獲得國家科技進步二等獎。這是該年度我國建材行業唯一獲得國家科技進步獎的項目。

2007年9月6日，以時任全國政協副主席羅豪才為團長的全國政協視察團一行，就科技創新體系建設等有關情況視察合肥院。

2007年9月11日，合肥院HFCG系列輥壓機產品榮獲“中國名牌產品”稱號，開創了建材行業科研院所自主研發和制造的產品獲“中國名牌”的先河

合肥院是最早進入越南水泥市場的中國承包商之一，在越南市場承接了十幾條完整水泥生產線及技改項目。為開拓越南市場，2008年，合肥院在越南建設部建設局的協助下，舉辦了水泥技術推介會

2008年1月27日，時任越南國家主席阮明哲先生蒞臨合肥院總承包的緣何水泥廠視察指導工作。

2008年12月23日，中國水泥協會主辦召開合肥院HRM4800型立磨新聞發布會。該磨機的正式投入生產，結束了我國不能自主生產大型原料磨的歷史，標志著自此以后國內大型水泥生產線不再依賴進口的原料立式磨

2009年9月5日，美國麥格勞·希爾建筑信息公司（McGraw-Hill）在其官方網站發布了2009年度Engineering News-Record（簡稱“ENR”）全球最大225家國際承包商排名。我國內地共有50家企業榜上有名，合肥院位列第145位，在中國企業中位列第29位。該榜單自開評以來一直未有設計咨詢類企業入選，合肥院開創了先例。